这部动漫讲述的是作为科学省首席天马博士的儿子在一场车祸中去世，天马博士悲痛欲绝，并且以自己儿子作为原型制造出来人工智能机器人名叫飞雄，与他一起生活。
处于某种原因，天马博士将飞雄的程序停止，毁灭了许多有关人工智能机器人的资料，在这之后下落不明。此后接任科学生首席的博士，在实验室意外发现了飞雄，利用电能复活飞行并取为阿童木，阿童木坚信着人类与机器人可以成为朋友。阿童木也解决了许多事件，开发出了潜在的能力，拥有许多机器人和人类的朋友，在不懈努力之下，达成了机器人与人类之间友好相处的目的，但这只是开始。在此之后，阿童木也带来了许多的欢声笑语与自己的朋友处理了许多的事情为人类与机器人之间做出了许多的努力。